This research line started with the study of enzymatic systems susceptible to be applied to biotransformation processes with the purpose of replacing living microorganisms. Subsequently, several kinds of biotransformations of interest in the industry have been studied in order to replace some chemical synthesis steps of value-added compounds by biological processes that can provide economic and operational advantages.

The more significant results are:

PhD. Thesis

• “Optimización de la producción aerobia de ácido succínicio a partir de glicerol utilizando cepas de E. coli modificadas genéticamente”. Zamira Elena Soto Varela. 2020.
• “Producción Biotecnológica de D-DIBOA mediante Escherichia Coli“.  María Elena de la Calle Sierra. 2019.
• “Genetic engineering of Escherichia coli in order to improve hydrogen and ethanol yield using glycerol as carbon source.”. Antonio Valle Gallardo. 2014.
• “Revalorización de Glicerina cruda, por medio de un proceso de Biotransformación, con Escherichia coli”. Ociel Cofré Carvajal. 2012.
• “Cinética de formación de cápsulas de alginato cálcico. Co-encapsulación del sistema enzimático glucosa oxidasa-catalasa”. Ana María Blandino Garrido. 1998.
• “Estudio cinético del comportamiento de las enzimas glucosa oxidasa y catalasa coinmovilizadas en alginato. Operación en reactores TAC”. Luis Enrique Romero Zuñiga. 1996.

Articles in International Journals

Callejo-López, J. A., Ramírez, M., González-Cortés, J. J., Valle, A., Cantero, D., & Bolívar, J. (2023). Application of a Microalgal Peptide-Enriched Extract as Media Component in E. coli Culture. ACS Sustainable Chemistry and Engineering, 11(8), 3529–3538. https://doi.org/10.1021/ACSSUSCHEMENG.2C07765 Open Access

Valle, A., de la Calle, M. E., Muhamadali, H., Hollywood, K. A., Xu, Y., Lloyd, J. R., Goodacre, R., Cantero, D., & Bolivar, J. (2023). Metabolomics of Escherichia coli for Disclosing Novel Metabolic Engineering Strategies for Enhancing Hydrogen and Ethanol Production. International Journal of Molecular Sciences, 24(14), 11619. https://doi.org/10.3390/IJMS241411619 Open Access

Valle, A., Soto, Z., Muhamadali, H., Hollywood, K. A., Xu, Y., Lloyd, J. R., Goodacre, R., Cantero, D., Cabrera, G., & Bolivar, J. (2022). Metabolomics for the design of new metabolic engineering strategies for improving aerobic succinic acid production in Escherichia coli. Metabolomics, 18(8), 1–14. https://doi.org/10.1007/s11306-022-01912-9 Open Access

de la Calle, M. E., Cabrera, G., Linares-Pineda, T., Cantero, D., Molinillo, J. M. G., Varela, R. M., Valle, A., & Bolívar, J. (2022). Automatable downstream purification of the benzohydroxamic acid D-DIBOA from a biocatalytic synthesis. New Biotechnology, 72, 48–57. https://doi.org/10.1016/J.NBT.2022.09.001 Open Access

A. Valle, A. Haïlaf, A. Ceballos, D. Cantero, J. Bolivar, Co-overexpression of the malate dehydrogenase (Mdh) and the malic enzyme A (MaeA) in several Escherichia coli mutant backgrounds increases malate redirection towards hydrogen production, Int. J. Hydrogen Energy. 46 (2021) 15337–15350. https://doi.org/10.1016/j.ijhydene.2021.02.100.

Z.E. Soto-Varela, G. Cabrera, A. Romero, D. Cantero, A. Valle, J. Bolivar, Identification of enzymatic bottlenecks for the aerobic production of malate from glycerol by the systematic gene overexpression of anaplerotic enzymes in Escherichia coli, Int. J. Mol. Sci. 22 (2021) 1–17. https://doi.org/10.3390/ijms22052266. Open Access

Cabrera, G., Linares, T., de la Calle, M.E., Cantero, D., Valle, A., Bolivar, J., 2020. Optimization of the Biocatalysis for D-DIBOA Synthesis Using a Quick and Sensitive New Spectrophotometric Quantification Method. Int. J. Mol. Sci. 21, 8523. https://doi.org/10.3390/ijms21228523 Open Access

de la Calle, M.E., Cabrera, G., Cantero, D., Valle, A., Bolivar, J., 2019. A genetically engineered Escherichia coli strain overexpressing the nitroreductase NfsB is capable of producing the herbicide D-DIBOA with 100% molar yield. Microb. Cell Fact. 18, 86. Doi: 10.1186/s12934-019-1135-8

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Karapetyan, L., Valle, A., Bolivar, J., Trchounian, A., Trchounian, K., 2019. Evidence for Escherichia coli DcuD carrier dependent FOF1-ATPase activity during fermentation of glycerol. Sci. Rep. 9, 4279. Doi: 10.1038/s41598-019-41044-0

de la Calle, M.E., Cabrera, G., Cantero, D., Valle, A., Bolivar, J., 2019. Overexpression of the nitroreductase NfsB in an E. coli strain as a whole-cell biocatalyst for the production of chlorinated analogues of the natural herbicide DIBOA. N. Biotechnol. 50, 9–19.  Doi: 10.1016/J.NBT.2019.01.002 

Valle, A., Cabrera, G., Cantero, D., Bolivar, J., 2017. Heterologous expression of the human Phosphoenol Pyruvate Carboxykinase (hPEPCK-M) improves hydrogen and ethanol synthesis in the Escherichia coli dcuD mutant when grown in a glycerol-based medium. New Biotechnology 35, 1-12. DOI: 10.1016/j.nbt.2016.10.007

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Valle, A., Cabrera, G., Muhamadali, H., Trivedi, D.K., Ratray, N.J.W., Goodacre, R., Cantero, D., Bolivar, J. 2015. A systematic analysis of TCA Escherichia coli mutants reveals suitable genetic backgrounds for enhanced hydrogen and ethanol production using glycerol as main carbon source. Biotechnology Journal. 10 (11), 1750-1761. DOI:10.1002/biot.201500005

Valle, A., Cabrera, G., Cantero, D., Bolivar, J. 2015. Identification of enhanced hydrogen and ethanol Escherichia coli producer strains in a glycerol-based medium by screening in single-knock out mutant collections. Microbial Cell Factories, 14(1), 93. DOI: 10.1186/s12934-015-0285-6

Cofré, O., Ramírez, M., Gómez, J.M., Cantero, D. 2012. Optimization of culture media for ethanol production from glycerol by Escherichia coli. Biomass and Bioenergy, 37, 275-281. DOI: 10.1016/j.biombioe.2011.12.002. [FULL TEXT]

Valle, A., Le Borgne, S., Bolívar, J., Cabrera, G., Cantero, D. 2012. Study of the role played by NfsA, NfsB nitroreductase and NemA flavin reductase from Escherichia coli in the conversion of ethyl 2-(2′- nitrophenoxy)acetate to 4-hydroxy-(2H)-1,4-benzoxazin-3(4H)-one (D-DIBOA), a benzohydroxamic acid with interesting biological properties. Applied Microbiology and Biotechnology, 94(1), 163-171. DOI: 10.1007/s00253-011-3787-0

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Patents:

Cofre, O; Gómez, J.M; Ramírez, M. y Cantero, D. Optimised and simplified culture medium for the production of ethanol and hydrogen from glycerol, using Escherichia coli, in order to boost biomass productivity. P201100896.  Priority data: 29.07.2011.

Bolivar, J; de la Calle, M.E; Cabrera, G; Valle, A y Cantero, D. Procedimientos para la optimización de la producción biotecnológica de D-DIBOA a partir de 2-(2 ́-nitrofenoxi)-acetato de etilo utilizando una cepa de E. coli modificada genéticamente en un medio de cultivo definido.  P201831274. Priority data: 21.12.2018

Projects

“Escalamiento y mejora de la producción biotecnológica del herbicida biodegradable D-DIBOA utilizando E. coli como biocatalizador celular”. TED2021-129856B-I00. Plan Nacional de I+D+i (Proyectos Estratégicos orientados a la Transición Ecológica y la Transición Digital). Invest. responsables: Jorge Bolívar y Gema Cabrera. 01/12/2022-30/11/2024.

“Producción biotecnológica de D-DIBOA mediante Escherichia coli”. Proyecto de Excelencia (P12-TEP-725). Consejería de Innovación, Ciencia y Empresa de la Junta de Andalucía. 2014-2018. Invest. Responsable: Domingo Cantero Moreno.

“Aprovechamiento de la glicerina por vía fermentativa: alternativa de viabilidad para la industria del biodiesel”. Proyecto de Excelencia (TEP-4830M). Consejería de Innovación, Ciencia y Empresa de la Junta de Andalucía. 2010-2013. Invest. Responsable: José Manuel Gómez Montes de Oca.

“Obtención de sesquiterpenos bioactivos mediante técnicas convencionales y biotecnológicas”. Proyecto de Excelencia. Consejería de Innovación Ciencia y Empresa de la Junta de Andalucía. (Ref.:P07-FQM-03031). 2007-2011. Invest. Responsable: José Mª González Molinillo.

“Producción Biotecnológica de Ácidos Benzohidroxámicos Bioactivos (fitosanitarios y farmacológicos)”. Proyecto de Excelencia.  Consejería de Innovación Ciencia y Empresa de la Junta de Andalucía (Ref.: P06-TEP-01399). 2006-2009. Invest. Responsable: Domingo Cantero Moreno.

“Biocombustibles para motores diesel a partir de aceites con distinta composición de ácidos grasos”. Plan Nacional de I+D+I (Ref. ENE2007-65490/ALT). 2007-2010.  Invest. Responsable: María del Pilar Dorado Pérez (Universidad de Córdoba).

“Reciclado del orujo de uva: evaluación de sus componentes como medio sólido de fermentación para la producción de enzimas hidrolíticas”. Plan Nacional de I+D+I (Ref: PPQ2002-00358). 2003-2005. Invest. Responsable: Ana Mª Blandino Garrido.

“Utilización de cereales para la obtención de nuevos productos mediante -procesos fermentativos”. Ministerio de Educación y Cultura. (Acción integrada con Reino Unido). 1998 – 1999. Invest. Responsable:  Domingo Cantero Moreno.